Система ExPlain позволяет проводить анализ и биологическую интерпретацию современных высокотехнологичных экспериментов (микроарреи, данные протеомики, ChIP-chip эксперименты). Программа позволяет генерировать гипотезы о регуляции, транскрипции генов, сигнальных путей для экспериментальной проверки.
Это интерактивное веб-приложение предоставляет возможности для комплексного анализа экспериментальных данных, связанных с регуляцией генов, и объединяет в себе несколько различных разработок. Система написана на языке программирования Perl с использованием систем управления реляционными базами данных, поддерживающих язык SQL. На данный момент система работает на платформах Win32 и Linux, и в качестве СУБД может использовать MySQL.
Можно выделить основные элементы интерфейса. Во-первых, это меню, позоволяющее выполнять загрузку и обработку данных, запускать различные виды анализа. Во-вторых, диалоговые окна, где можно задать параметры анализа и запустить его. Затем блок информации о запущенных процессах (справа от меню), где отображается, какие процессы выполняются, какие находятся в состоянии ожидания и какие выполнены. Наконец, нижняя часть состоит из дерева объектов (слева) и рабочей области (справа), где, как правило, отображается объект, выбранный в дереве.