В круг интересов А.П. Ершова естественным образом вошли проблемы обучения программированию и, более широко, информатике в школе. Он стал одним из создателей так называемой школьной информатики, а в его лаборатории появились Ю.А. Первин, Г.А. Звенигородский, Н.А. Юнерман, другие стажеры и аспиранты, занимавшиеся этими проблемами и создавшими систему Школ юных программистов (ШЮП), по сути превратившуюся во всесоюзный или даже международный клуб работы с детьми, увлеченными компьютерами.
Большую роль в этом деле сыграла компьютерная графика - система Шпага для программирования прорисовки в понятных детям терминах, а также идеи учебных языков программирования. Под руководством Г.А. Звенигородского группой студентов и старшеклассниковбыла создана система программирования "Школьница", в которую вошли язык начального обучения программированию Робик и более мощный учебно-производственный язык Рапира, использовавшийся при разработке демонстрационных вариантов систем школьной информатики для первого школьного компьютера Агат. Все это легло в обоснование целесообразности введения новой школьной дисциплины "Основы информатики и вычислительной техники". Первый учебник и методическое пособие для школьных учителей было подготовлено коллективом авторов под руководством А.П. Ершова.
По заказу Министерства просвещения СССР Л.С. Бараз, Н.Г. Глаголева, П.А. Земцов, Е.Н. Налимов, Е.В. Налимов, А.В. Грабарь, С.А. Терехов, Н.Ш. Погосян, и др. под руководством Л.В. Городней выполнили разработку школьного программного обеспечения на базе КУВТ Ямаха и Электроника УКНЦ. Кроме удобной системы программирования на языке Рапира с дружелюбным интерфейсом, окнами и достаточно быстрой машинной графикой, был разработан тренажер Микрорапира для начального знакомства с программированием, непревзойденный по надежности и удобству ряд текстовых редакторов Tor, система подготовки текстовых документов Dcm, автоматизированные средства восстановления файловой системы Vfy, текстовый макрогенератор Gpm, низкоуровневые средства ручной работы с файлами Fix, и прекрасный аналог NC - NalimCommander. Все эти средства эксплуатируются в школах до сих пор. В реализации языка Рапира на Электронике УКНЦ входной язык был обогащен возможностью работать с вычисляемыми именами и ассоциативными таблицами.
Кроме того, был выполнен каскад оригинальных сервисно-технических разработок, включая эффективные средства администрирования на СМ-4.
Работы в области школьной информатики продолжались в ИСИ по двум направлениям: участие в формировании системы подготовки профессиональных информатиков ВКИ НГУ и разработка экспериментальных программных систем учебного назначения, преимущественно силами студентов. В их числе учебно-игровая система ГРИН по мотивам калифорнийской системы Grow, обеспечивающей быстрое конструирование компьютерных игр по диаграмме переходов, учебная база данных на Ямахе и банк типовых компонент для конструирования учебных систем программирования.
Под научным руководством В.Н. Касьянова Л.А. Резцовой была создана система АСОП - адаптивная среда обучения программированию на Паскале, являющейся средой активного обучения, настраиваемой на модели обучения студента и предметной области.
Учебно-информационная система по преобразованию программ FRIEND была создана для наглядного и практического ознакомления с преобразованиями программ. В системе обрабатываются программе, представленные на языке Лисп, для каждого преобразования существует обратное, что позволяет пользователю свободно и безопасно изменять свою программу. Над проектом работали С.Г. Долгова и О.Р. Ершова.
М.А. Бульонков и Е.Р. Пак разработали и внедрили в ряде школ практичную систему подготовки расписания и программные средства подготовки и проведения опроса и контрольных работ. Система СПОРА предназначена для составления расписания занятий в учебном заведении и обеспечивает выполнение наиболее трудоемких и рутинных операций этого процесса.
В настоящее время большинство научных сотрудников ИСИ участвуют в разных формах образовательного процесса, связанного с учебным применением информационных технологий, готовят и проводят конкурсы по информатике, ставят учебные курсы, консультируют по особенностям применения современных программных средств.
А.А. Берс и В.Г. Поляков предложили и реализовали на базе Бердского МОО "Пеликан" свою концепцию массового обучения информатике.
В ИСИ создана группа Образовательной информатики, объединяющая основные направления школьной информатики и нацеленная на исследование и развитие образовательного потенциала информационных технологий.