Институт систем информатики регулярно проводит международные конференции «Перспективы систем информатики», посвященные памяти академика А.П. Ершова. Последняя конференция была проведена в 2009 году. В ней приняли участие более 40 ученых из дальнего зарубежья. Труды конференции публикуются в издательстве Springer Verlag в серии Lectures Notes in Computer Science. Очередная конференция будет проходить в 2011 году. За последние пять лет на базе Института проведен также ряд других международных конференций. В 2003–2006 годах проведены конференции-конкурсы молодых ученых при поддержке Microsoft Research. ИСИ СО РАН совместно с ИВМиМГ СО РАН, ИАЭ СО РАН и др. был организатором XV международной конференции GraphiCon'2005, посвященной компьютерной графике и приложениям.
Институт имеет широкие международные связи с научными организациями и компаниями, работающими в области информационных технологий: Microsoft Research, IBM, Samsung и др. Сотрудники Института регулярно выезжают за рубеж для участия в международных конференциях и для совместной научной работы. Институт регулярно посещают иностранные специалисты и студенты. Аспиранты из Киргизии обучаются в аспирантуре, студенты из Франции проходят дипломную практику.
Список зарубежных партнеров, заключивших с институтом договоры о научном сотрудничестве, включает:
- Шэньчжэньский университет, Шэньчжэнь, Китай
- Laboratoire d'Informatique Algorithmique: Fondements et Applications (LIAFA), University Paris 7, Франция
- Научно-технический центр "Юнсон", КНДР
- Факультет Математики Университета г. Зиген, Германия
- Факультет Computer Scince Университета г. Вюрцбург, Германия
- Факультет Computer Scince Университета г. Трир, Германия
- Евразийский университет имени Л.Н. Гумилева, Казахстан
- Институт математики и математического моделирования, Казахстан
- Белорусский государственный университет информатики и радиоэлектроники, Беларусь
Из числа сотрудников института 7 человек являются членами различных международных научных организаций.